一、國家政策依據(jù)不同
    1、國家高新技術企業(yè)認定管理辦法是為扶持和鼓勵高新技術企業(yè)的發(fā)展，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》、《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》，國家知識產(chǎn)權戰(zhàn)略發(fā)展規(guī)劃、中國加入國際組織（WTO）等一系列政策的指引與配套政策出臺下誕生，主要是規(guī)劃、引導企業(yè)的生產(chǎn)、科研、日常制度等規(guī)范化，符合國家相關戰(zhàn)略思路。
    2、軟件企業(yè)認定管理辦法是關于貫徹國務院鼓勵軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)發(fā)展若干政策實施意見，進一步推動本市軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，結合本市實際情況，制定的相關政策。
    軟件產(chǎn)業(yè)是知識經(jīng)濟時代的主導產(chǎn)業(yè)，對推動經(jīng)濟發(fā)展具有極其重要的戰(zhàn)略意義。運用市場機制，優(yōu)化資源配置，鼓勵自主創(chuàng)新，通過在政策、資金上予以特別支持，推動軟件產(chǎn)業(yè)的跨越式發(fā)展，保持軟件產(chǎn)業(yè)在全國的領先地位，并盡快達到或接近國際先進水平。  

    二、政府審批部門不同
    1、高新技術企業(yè)認定由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門聯(lián)合評審；
    2、軟件企業(yè)由地方科委或科技廳負責評審。

    三、有效期限和年審規(guī)定不同
    1、高新技術企業(yè)有限期為三年，三年復審，第六年重新認定。擬認定的高新技術企業(yè)每年按照相關規(guī)定報統(tǒng)計和科技委備案，同時在地方企業(yè)所得稅減免所辦理減免備案。
    2、軟件企業(yè)實行每年年檢，根據(jù)軟件企業(yè)管理辦法規(guī)定的指標和資料，提供相關資料，每年的六月份之前辦理軟件企業(yè)年檢，如果通過了，可以享受上一年度的企業(yè)所得稅減免，如果沒有通過，不能最享受企業(yè)所得稅減免。

    四、所享受的企業(yè)所得稅優(yōu)惠不同
    1、高新技術企業(yè)認定后，在地方稅務局備案后，企業(yè)所得稅為15%，減免10%。企業(yè)需要每年在稅務局做高新技術企業(yè)備案，通過后，才能享受到優(yōu)惠政策。
    2、軟件企業(yè)認定，在稅務局備案后，自獲利年度起，第一年和第二年免征企業(yè)所得稅，第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅。享受完五年優(yōu)惠后，不再享受任何企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策（包括高新企業(yè)優(yōu)惠政策），企業(yè)所得稅按照25%征收。

    五、所享受的其他優(yōu)惠政策不同

    （一）高新技術企業(yè)可享受的其他優(yōu)惠政策
    1、經(jīng)認定的國家高新技術企業(yè)，每年可申請辦理北京市戶口；引進人才政策；
    2、經(jīng)認定的國家高新技術企業(yè)為開發(fā)新技術、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費用，未形成無形資產(chǎn)計入當期損益的，在按照規(guī)定據(jù)實扣除的基礎上，按照研究開發(fā)費用的50%加計扣除；形成無形資產(chǎn)的，按照無形資產(chǎn)成本的150%攤銷；
    3、經(jīng)國家科委認定的高新技術企業(yè)，包括但不限于在國家的一些扶持項目申報上有幫助，有的項目申請還強制要求必須有國家高新資質(zhì)才能申請；
    4、企業(yè)高級管理人員進京，按照上一年度所繳個人工薪收入所得稅地方留成部分的80%予以獎勵，用于其在本市購房、購車以及參加培訓。（《北京市吸引高級人才獎勵管理規(guī)定實施辦法（京人發(fā)[2005]57號）》、《關于北京市吸引高級人才獎勵管理規(guī)定的通知（京政辦發(fā)[2005]18號）》）； 
    5、對在高新技術成果轉化中做出重大貢獻的專業(yè)技術人員和管理人員，市政府授予榮譽稱號并給予獎勵，所獲獎金免征個人所得稅。（《北京市關于進一步促進高新技術產(chǎn)業(yè)發(fā)展的若干規(guī)定》）。

    （二）軟件企業(yè)可享受的其他優(yōu)惠政策
    1、根據(jù)企業(yè)自愿的原則，軟件企業(yè)從業(yè)人員住房公積金的繳存比例可提高到20％；
    2、凡受聘于本市軟件基地或軟件企業(yè)，具有本科及以上學歷且取得高級專業(yè)技術職稱的或在國內(nèi)外獲得項士及以上學位的軟件專業(yè)技術人員和管理人員，可由用人單位按照有關規(guī)定，直接辦理調(diào)京手續(xù)，其配偶及未成年子女可隨調(diào)、隨遷；
    3、從財政預算中安排專項資金，用于軟件企業(yè)高級管理人員和技術人員興辦高新技術企業(yè)或增加本企業(yè)資本金投入以及個人第一次購買住房、轎車的資金補助，補助標準不超過個人上年已納個人所得稅的80％；
    4、對國家規(guī)劃布局內(nèi)的重點軟件企業(yè)，如當年未享受免稅優(yōu)惠的，減按10％的稅率征收企業(yè)所得稅。